მიტროპოლიტი იოანე — ერისკაცობაში გურამ ვახტანგის ძე გამრეკელი — დაიბადა 1946 წლის 28 ოქტომბერს თბილისში, ისტორიკოს ვახტანგ გამრეკელის ოჯახში.

საერო განათლებით გეოლოგია: სწავლობდა თბილისის პოლიტექნიკურ ინსტიტუტში, 1970 წელს კი დაამთავრა ნოვოჩერკასკის პოლიტექნიკური ინსტიტუტის სამთო-გეოლოგიური ფაკულტეტი და მუშაობდა თბილისის გეოლოგიურ სამმართველოში უფროს გეოლოგად.

1983 წლიდან სიონის საპატრიარქო ტაძრის სტიქაროსანი იყო, 1985–1988 წლებში სწავლობდა მცხეთის სასულიერო სემინარიაში. დიაკვნად ხელდასხმულია 1987 წელს, მღვდლად — 1988 წელს; მსახურობდა ანჩისხატის ეკლესიაში, 1989 წლიდან კი სიონის საპატრიარქო ტაძარში, სადაც იმავე წელს პროტოპრესვიტერად და თბილისის სასულიერო აკადემიისა და სემინარიის რექტორად დაინიშნა.

2008 წლის 11 სექტემბერს აღიკვეცა მონაზვნად სახელით იოანე, 14 სექტემბერს კი სვეტიცხოვლის საპატრიარქო ტაძარში ეპისკოპოსად აკურთხეს. 2009 წლიდან რუსთავისა და მარნეულის ეპარქიას განაგებდა; 2010 წელს მთავარეპისკოპოსის, 2011 წელს კი მიტროპოლიტის წოდება მიენიჭა.

ქუთაისისა და გაენათის ეპარქიის დროებით მმართველად 2019 წლის 22 ივნისს დაინიშნა, ხოლო წმინდა სინოდის 2019 წლის 31 ოქტომბრის გადაწყვეტილებით — ამავე ეპარქიის მმართველ მღვდელმთავრად. ის ასევე ხელმძღვანელობს საქართველოს საპატრიარქოს წმინდა მეფე დავით აღმაშენებლის სახელობის განათლების ცენტრს.